Le guerre dei cloni, a tre anni dal loro inizio, sono in pieno svolgimento e le truppe repubblicane sembrano avere la meglio sui separatisti. Anakin incontra segretamente Padmè, e lei gli comunica di essere in attesa di un bambino. Palpatine desta preoccupazione nel Consiglio degli Jedi: i suoi poteri aumentano a dismisura. Obi Wan incarica Anakin di tenere sotto controllo il Cancelliere. Se questi non avrà rimesso i poteri speciali alla fine della guerra civile, dovrà essere deposto dalla sua carica.
Anakin, intanto, ha continui sogni premonitori che descrivono la morte di Padmè. Palpatine, per attrarre il giovane verso il Lato Oscuro, decide di raccontargli la storia di Darth Plagueis, un Sith che, cercando l'immortalità per i suoi cari, arrivò a conoscere alcuni dei più profondi segreti della Forza: il Lato Oscuro. Ma la rivelazione finale arriva solo più tardi: il Cancelliere è l'Oscuro Signore dei Sith. Confuso, Anakin va dal Maestro Windu, e gli comunica la sua scoperta. Windu si avvia per arrestare Palpatine, mentre Anakin si ricorda delle parole dell'Oscuro Signore e corre per impedire che questi venga ucciso.
Windu ingaggia un duello per eliminare il Cancelliere che, grazie all'aiuto di Anakin, ormai al servizio del Lato Oscuro, prevale e uccide il maestro Jedi. In una seduta del Senato, Palpatine accusa gli Jedi di alto tradimento e si autoproclama Imperatore Galattico. Nel frattempo, Obi-Wan e Yoda apprendono gli omicidi commessi da Anakin. Kenobi, allora, si incontra sul pianeta vulcanico Mustafar, con il suo allievo e Padmè. Anakin, credendo che sua moglie lo stia tradendo, la strozza, riducendola in fin di vita. Obi-Wan attacca Anakin, privandolo delle gambe e del braccio e facendolo precipitare in un fiume di lava. Sidious lo soccorre in tempo e lo porta in una sala dove viene operato, diventando Dart Fener. Intanto, Padmè muore, ma riesce a dare alla luce i due piccoli figli, Luke e Leila, che vengono separati e condotti in luoghi dove i due Sith non percepiranno la loro presenza: lui su Tatooine, e lei su Alderaan.
